Das Museum steht zu Füßen des Agrieliki-Hügels in der Nähe des Friedhofs von Vrana. Es ist auf Kosten des Unternehmers Efgenios Panagopoulos errichtet und 1975 eingeweiht worden. Die Sammlung enthält bedeutsame Fundstücke aus den in der Umgebung durchgeführten Ausgrabungen und natürlich auch solche, die mit der vielleicht wichtigsten Schlacht der Athener gegen die Perser im Jahre 490 v. Chr. in Zusammenhang stehen. Die Exponate sind soweit möglich chronologisch und nach Gattungen aufgestellt.
Der erste Saal enthält Keramik aus neolithischer Zeit aus der Pan-Höhle von Oinoe, in der die Athener den Kult des arkadischen Gottes als Gegenleistung für seine Hilfe in der Schlacht von Marathon eingerichtet hatten. Besonders interessant sind die Gefäße mit matter Bemalung, wie die intakt erhaltene Kanne mit dem kugeligen Bauch. Wichtig ist auch das ebenfalls intakt mit dem Deckel erhaltene kugelige Gefäß, in dem Hunderte von blauen Perlen aus Glasmasse, bunten Steinen und Bergkristall sowie Muscheln gefunden worden sind, die die Kinder vor Unglück schützen sollten.
Im zweiten Saal sind Gefäße und Kleinfunde aus den Ausgrabungen der kykladischen Gräber von Tsepi ausgestellt, die nördlich des Museums gefunden worden sind, und aus Gräbern aus dem Umkreis des Museums stammen. Außerdem sieht man Keramik aus geometrischer und archaischer Zeit aus der weiteren Umgebung.
Unter den Objekten, die den Kontakt der Einwohner von Marathon mit den Inseln der Kykladen bezeugen, stechen zwei Kykladenpfannen hervor, deren Unterseiten mit Ritzungen geschmückt sind, sowie ein kugeliges Gefäß mit vertikaler Äderung, alle aus der Zeit zwischen 3200 und 2700 v. Chr.
Ein weiterer Komplex in diesem Saal enthält Keramik aus geometrischer Zeit aus Gräbern aus der Umgebung. Besonders hinzuweisen ist auf das vogelgestaltige Gefäß, die schön bemalten Schmuckbehälter (Pyxiden), die Kleeblattkanne mit den einander zugewandten Vögeln und die mit menschlichen Gestalten und geometrischen Ornamenten bemalten Kleeblattkannen.
Im dritten Saal sind die Überreste des Tropaions ausgestellt, das zu Ehren der 192 gefallenen Athener aus dem Heer des Militiades errichtet worden ist, das aus 10.000 Hopliten bestand, die während der etwa einstündigen Schlacht 6.400 Perser getötet haben. Von der Säule mit dem ionischen Kapitell und der heute verlorenen Nike auf deren Spitze sind nur zwei Säulentrommeln und das fast vollständige Kapitell erhalten; an einer Seite sieht man den Saum des Chitons der Nike.
Im selben Saal sieht man beschriftete Marmorstelen und in zwei Vitrinen Keramik, die aus dem Grabhügel stammt, der nach der Verbrennung der Gefallenen und dem Totenmahl der Angehörigen auf dem Schlachtfeld aufgeschüttet worden ist. Besonders hinzuweisen ist auf eine schwarzfigurige Dreifußpyxis aus dem 6. Jh. v. Chr., den großen Servierteller, eine Hydria mit Darstellungen des von Satyrn und Mänaden begleiteten Dionysos und die Amphora des Sophilos, des ältesten namentlich bekannten Athener Vasenmalers aus dem 6. Jh. v. Chr. Die Aschenurne in der ersten Vitrine enthielt die Asche eines Kriegers, der mit dem Heerführer Kallimachos identifiziert worden ist.
Im Vierten Saal sind einige qualitätsvolle Grabreliefs aus dem 4. Jh. v. Chr. ausgestellt, während dessen diese Kunstgattung kurz vor ihrem Verbot ihren Höhepunkt erreicht hatte. Man sieht eine sitzende weibliche Gestalt mit einer kleinen Dienerin, die ihr ein Tuch reicht, eine weitere, die der Dienerin ihr Kind reicht, einen nackten Mann mit seinem kleinen Diener und einem Hund und zwei marmorne Grabgefäße in der Form panathenäischer Preisamphoren.
Im vierten Saal sind Objekte aus römischer Zeit ausgestellt, darunter eine Stele, die Herodes Attikus erwähnt, der im Jahre 103 n. Chr. in Marathon geboren war und wahrscheinlich nach einer Ägypten-Reise die Errichtung eines ägyptischen Heiligtums finanziert hat, an dessen Eingang vier ägyptisierende Statuen aufgestellt waren. Von einer weiblichen Statue ist nur der untere Teil erhalten, während die 2,40 m hohe Statue des Antinoos, des Günstlings des Kaisers Hadrian, nahezu unversehrt gefunden worden ist.
Im Hof des Museums sind einige Fundstücke aus der Villa des Herodes aufgestellt, wie zwei Hermenpfeiler und einige Grabstelen.
Archäologisches Museum
Plateon-Straße 114, 19007 Marathon
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